Comment quantifier les gels d'électrophorèse en images

L'électrophorèse est une technique essentielle pour le clonage de gènes et d'autres expériences de biologie moléculaire de pointe. Les scientifiques utilisent couramment électrophorèse dans un seul but, pour séparer l'ADN, l'ARN ou les protéines en leurs composants moléculaires individuels au sein d'une plaque de gel. Cette procédure permet aux scientifiques de déterminer combien d'une molécule est présente dans un échantillon et la taille de ces molécules sont. Pour ce faire, on laisse l'échantillon à migrer vers le bas de la longueur du gel, durant laquelle il se sépare en bandes de différentes tailles à des points distincts à l'intérieur du gel. Enfin, le gel contenant les molécules migrés est photographié. Il est cette image qui doit être quantifiée à des fins d'analyse des données.


Sommaire

  • Gel d'électrophorèse image quantification
  • Choses que vous devez

    • un logiciel d'analyse d'image
    1. Gel d'électrophorèse image Quantification

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        Choisir un logiciel approprié d'analyse d'images. Ceci est obligatoire, donc de l'accès à des logiciels de densitométrie tels que KODAK DirectView EVP Plus et Carestream imagerie moléculaire doit être obtenu au préalable. Alternativement, le logiciel moins cher (par exemple, Adobe Photoshop) et le logiciel open-source conçu spécifiquement à l'analyse de l'image scientifique (par exemple, ImageJ) sont également disponibles. ImageJ est un package complet sans commune dans les laboratoires de biologie moléculaire et simple à utiliser. Aux fins du présent article, ImageJ sera utilisé à titre d'exemple. Cependant, les principes de chaque étape sont universels et facilement applicable à tous les types de logiciels d'analyse d'images.

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        Convertir l'image dans un format utilisable. ImageJ est compatible avec de nombreux appareils d'imagerie et caméras utilisées dans les laboratoires qui effectuent électrophorèse. Cependant, il est de pratique courante pour créer .JPEG, .TIFF ou d'autres formats universels de l'image à analyser.




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        Importez l'image (s) dans le logiciel d'analyse d'image. Certains logiciels d'analyse d'images provoquer les images importées d'avoir une résolution inférieure, contraste différent et d'autres problèmes-de qualité d'image, il est donc une bonne idée d'importer tous les formats et de choisir celui qui a la plus haute qualité dans le logiciel choisi. ImageJ n'a pas le problème de la résolution et préserve la qualité des données brutes.

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        Convertir la couleur de l'image de "niveaux de gris." Dans ImageJ, sélectionnez le "Image" onglet et dans le menu, cliquez sur "niveaux de gris."

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        Définissez les paramètres de mesure appropriés pour l'analyse. Dans l'onglet Analyser, sélectionnez "Set mesures," puis cochez les cases "Salon," "Valeur moyenne Gris" et "Densité intégrée" dans le menu déroulant.

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        Réglez la bonne échelle pour l'analyse. Dans le logiciel exemple, cliquez sur "Analyser," puis "Réglez Echelle," et dans l'espace pour l'unité de longueur, tapez "pixels."

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        Inverser les couleurs pour une clarté visuelle. Sous l'onglet Modifier, sélectionnez "Inverti" de sorte que les zones claires deviennent sombres et vice versa.

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        Choisissez les bandes souhaités dans l'image. Sur la palette d'outils, sélectionnez le "Sélection au lasso" outil et faites glisser le pointeur de la souris le long de la frontière soit la première bande ou la bande qui est l'expérience de commande. Sélectionnez uniquement la bande, et d'éviter tout ombrage de fond, qui est essentiellement le bruit.

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        Mesure (qui est, quantifier) ​​la zone sélectionnée. Presse "m," et dans la fenêtre des résultats qui apparaît trouver les mesures de la densité intégrée, espace et gris Valeur Moyenne, etc. Répétez les étapes ci-dessus jusqu'à ce que toutes les bandes ont été mesurées. Ensuite, copiez toutes les valeurs dans un tableur. Les images quantifiés sont maintenant prêts pour l'analyse des données dans le tableur.

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