Un fichier SYS est un dossier extrêmement important quand il vient à Microsoft Windows. Ces fichiers contiennent des informations et des codes importante sur le matériel en cours d'exécution sur le système. Cela étant dit, si un fichier SYS particulier venait à être endommagé ou retiré, cela pourrait créer des problèmes pour rompre le reste du système informatique. En raison de l'importance des fichiers, il est préférable de les accepter qu'à partir de sources de confiance.