Bien que l'iPod est conçu pour intégrer de façon transparente avec iTunes, le logiciel propriétaire de médias d'Apple, il peut ne pas être la meilleure option pour tout le monde. Les utilisateurs qui exécutent un système d'exploitation autre que Windows ou Macintosh ont pas le choix d'utiliser un programme alternatif pour organiser et transférer leur musique. Heureusement, il existe plusieurs programmes disponibles pour les personnes qui préfèrent ne pas utiliser iTunes. Ces alternatives sont généralement de plus petite taille de fichier ainsi, les rendant adaptés pour les utilisateurs sans Internet haut débit.