Malwarebytes Anti-Malware, habituellement, ne laisse pas de traces spécifiques du programme sur votre système une fois désinstallé. Toutefois, les informations sur la base-clients tels que votre ID de produit et clé de licence sont laissés dans le cas où vous avez besoin de réinstaller le programme sur le même ordinateur à une date ultérieure. Pour toutes autres fins, telles que la nécessité de l'installer sur un autre ordinateur, les développeurs du programme fournissent l'utilitaire de nettoyage de Malwarebytes Anti-Malware pour supprimer l'application avec de telles traces. Sinon, vous pouvez compter sur sa propre utilitaire de nettoyage de Windows pour laisser intacte cette information.