Sodium dodécyl sulfate électrophorèse sur gel de Polyacrylamide (SDS-PAGE) est une méthode biochimique de l'identification des protéines en solution. Comme illustré par Mathews et al dans "Biochimie," Des échantillons de protéine sont d'abord chargés dans "puits" ou des trous sur une extrémité du bloc de gel de Polyacrylamide. Un champ électrique est alors appliqué sur le gel. SDS, ajouté à des échantillons chargés, nie la charge naturelle de protéines. Pour cette raison, le poids moléculaire de protéines détermine seule la vitesse de migration des protéines comme ils se déplacent à travers le gel vers le pôle chargé positivement, note Bitesize Bio. Protéines multiples dans le même échantillon seront donc séparer les uns des autres et de migrer vers des positions différentes.
Orientez la photographie de gel. "Haut" est l'emplacement du puits où les échantillons ont été initialement ajoutés. "Bas" est où les échantillons ont migré vers et contient le plus souvent le front de colorant qui indique le front de migration des échantillons. La gauche ou la droite devrait contenir une "marqueur," utilisé comme un guide de masse moléculaire prévisible.
Étiqueter les échantillons pour chaque voie. Dans la partie supérieure, les échantillons ajoutés aux puits auront migré verticalement dans "voies." Par conséquent, toutes les barres visibles dans une colonne verticale à partir de l'une viennent échantillon chargé directement au-dessus. Utilisez la règle et un crayon pour mettre frontières sur les voies si elle est difficile à visualiser colonnes.
Etiqueter les tailles moléculaires des bandes dans la voie de marqueur. Commercialement marqueurs disponibles viennent avec une image du motif de bande d'attendre avec les poids moléculaires de chaque bande. Les bandes sont la horizonal sombre "bars," qui sont effectivement colorées protéines incorporé dans le gel.
Tracer des lignes horizontales de lumière étendant à partir de chaque bande de marqueur au bord opposé du gel. Soyez attentif à ce que ces lignes parallèles dans les puits et du front de colorant. Ces lignes indiquent où les protéines de la masse moléculaire indiquée par chacune des bandes de marqueurs seraient situés dans chaque piste. Par exemple, une bande dans le couloir 4 qui se trouve juste en dessous de la ligne prolongée de la bande de marqueur de 25 kilodaltons suggère que la voie 4 bande est presque, mais pas tout à fait 25 kilodaltons à poids moléculaire.
Étiqueter chaque bande dans chaque voie avec son poids moléculaire estimé. Utilisez des marqueurs comme un guide, et les valeurs d'estimation entre les tailles de marqueurs.
Sous la photographie de gel, faire une liste des "protéines" pour chaque voie. Commencer par énoncer ce qui est connu à propos de chaque échantillon, comme son origine ou des conditions. Puis la liste de la masse moléculaire estimée de chaque bande dans la ruelle. Les pistes avec une bande indiquent que l'échantillon ne contient qu'une seule protéine. Les lignes avec plusieurs bandes indiquent la présence de plusieurs protéines. Les bandes qui courent avec le front de migration sont plus petits que suggéré par le marqueur le plus proche et probablement ne peuvent pas être prédits sauf "plus petit que" le marqueur indique.
Dans la liste des protéines, noter bizarreries. Un "barbouillé" apparence peut indiquer que trop de protéines sont présents ou que la viscosité de l'échantillon affecté sa migration Si bandes semblent aller au-delà du bord de la voie ou sont très grandes par rapport à d'autres groupes, la concentration de cette protéine est probablement trop élevé et doit être dilué dans l'électrophorèse avenir. Une teinte grisâtre tout au long de la voie, plus foncée que la couleur de gel de fond, indique des fragments de protéines indiscernables.
Déterminer l'identité des protéines dans chaque voie. Bien que cela se fait en utilisant seulement le poids moléculaire, la source de chaque voie sera probablement indiquer des indices ainsi. Considérer que, dans certaines conditions, les protéines peuvent maintenir une association dimère ou trimère d'un gel. Par conséquent, une protéine peut apparaître sur un gel de trois bandes distinctes. Même si les protéines ne peuvent pas être identifiés, l'obscurité relative des bandes peut impliquer les concentrations des protéines en solution. Tous les protéines curieuses et inconnus peuvent être isolés directement à partir du gel initial et envoyé pour identification.